关于产生代持股协议的原因有很多种，可能是真实的出资人不愿意公开自己的身份，或者是为了规避经营中的关联交易找别人代持股，或者是为了规避国家法律对某些行业持股上限的限制，也可能是有的公司对股东身份有特别的要求。但是，不管基于什么目的，代持股权需要在委托人和受托人之间形成一份《股权代持协议书》。签订代持股协议则存以下法律风险点：
风险点一：代持股协议存在法律效力问题。
如果代持股协议的内容没有违反国家法律的规定，主要是没有以合法形式掩盖非法目的的、没有恶意串通损害他人利益等情形的，一般代持股协议是合法的。但是，这种合法也仅限于签订协议的双方之间，对第三人没有约束力。
另外，根据中国法律规定，中国有些行业限制外国投资者（包括港、澳、台投资者）投资或者禁止外国投资者投资。如果外国投资者规避中国法律规定，通过股权代持方式进入相关行业，根据最高人民法院的相关司法解释，此时实际出资者和名义股东之间的代持股协议会因违反中国法律规定而被认定为无效。
风险点二：代持股协议实际出资人不进行工商登记的，则存在股东资格确认问题。
登记在工商管理部门的股东是接受委托的持股代理人，并不是实际的出资人，但是，对外部第三人来讲，股东资格的确认依据的是工商登记档案，代持股协议中的实际出资人虽然出资但是自己的名字并不显示在工商登记档案上，就容易存在以下法律风险：
1、股东的身份不被认可。由于代持股协议实际出资人的姓名并不记载于工商登记资料上，那么在法律上代持股协议实际出资人的股东地位是不被认可的，股东的表决权、分红权、增资优先权、剩余财产分配权等一系列的权利都需要由代持股人行使，必然导致风险的存在。同时代持股人转让股份、质押股份的行为，实际出资人都很难控制。如果实际出资人没有履行《公司法》规定的股权登记/变更登记等手续，实际出资人不能依其与代持股人签订的代持股协议的约定，当然取得股东资格或直接行使股东权利；如果实际出资人与代持股人就股东资格发生争议，也不能直接认定实际出资人具有股东资格，则存在实际出资人的股东资格难以确认问题。
2、代持股人恶意损害实际出资人的利益。包括代持股人滥用经营管理权、表决权、分红权、增资优先权、剩余财产分配权等权利给实际出资人造成的财产损失。在代持股协议中，实际出资人的股东权利都是由代持人行使，这显然有较大潜在道德风险。代持人如未经实际出资人许可私自转让股权、质押股权或对外欠巨额债务的行为，都会对被代持的股权造成巨大影响，而实际出资人都很难控制这些不守信用的行为。一旦引起股权纠纷，将耗费实际出资人大量时间精力处理纠纷。
3、由于代持股人自身原因涉诉而被法院冻结保全或者执行名下的代持股权。当代持股人出现其他不能偿还的债务时，法院和其他有权机关可以依法查封上述代持股股权，并将代持股权变现用于偿还代持股人的债务。实际出资人如未能及时阻止，只能依据代持股协议主张赔偿责任，实际出资人无法以股东身份进行法律救济。
4、代持股人意外死亡引发继承或离婚纠纷等。如果代持股人意外死亡，则其名下的股权作为财产将有可能涉及继承，或因离婚分割该股权导致难以预期的法律纠纷。实际出资人不得不卷入相关纠纷案件中，才能维护自己的财产权。
5、其他股东在被代持股权实施最终转让时享有优先购买权。在实际出资人指令代持股人将其代持股权转让到自己或第三人名下时，则面临公司其他股东享有优先购买权的问题。根据我国现行《公司法》的规定，经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。在实践中，该类股权转让协议往往并不向他方披露，自然也就没有履行《公司法》规定的股权转让程序，从而使得该股权转让行为的法律效力存在问题。目前审判中较为通行的观点为该股权转让合同属于可撤销的合同。代持股股权转让行为中因未履行经其他股东同意的程序，从而损害了其他股东的优先购买权。因此，作为权利受损方，其他股东可以请求撤销转让方和受让方之间的代持股股权转让合同。
风险点三：代持股行为系公司上市的潜在障碍。
在投融资交易中，多数公司的最终目的是上市，公司如果希望在中国境内资本市场公开发行股票，则需遵守中国证监会《首次公开发行股票并上市管理办法》（以下简称“《首发办法》”）。《首发办法》要求，“发行人的股权清晰，控股股东和受控股股东、实际控制人支配的股东持有的发行人股份不存在重大权属纠纷”。由于代持股会影响发行人股权清晰度，且存在潜在股权纠纷风险，所以从目前证监会的监管上看，委托持股是不允许的。
监管部门虽并否认委托持股本身的有效性，但为确保股权清晰而适用的监管审查却要求公司对委托持股的行为进行清理。代持股问题已成为投行首发保荐业务的禁区。有保荐代表人指出，绝大多数的股权代持形式都不被监管层认可，如果存在股权代持问题的申报企业被举报，保荐机构及保荐代表人将承担连带责任。因此代持股权的行为在公司上市前需要清理干净，否则会影响公司上市。
四、实际出资人充当公司实际控制人的法律规制。
实际出资人虽非显名股东，但在其以“隐形的手”实际控制公司时，则面临公司法对实际控制人的规制。我国现行《公司法》对“实际控制人”的含义解释为：“虽不是公司的股东，但通过投资关系、协议或者其他安排，能够实际支配公司行为的人。”实际出资人有可能属于公司法中“实际控制人”的一种形式。
按照《公司法》规定，公司为实际控制人提供担保的，必须经股东会或者股东大会决议，受实际控制人控制的股东应当在表决时回避。同时，实际控制人不得利用其关联关系损害公司利益，如果违反该规定给公司造成损失的，应承担赔偿责任。实际出资人在作为实际控制人出现时，需遵守《公司法》对实际控制人的规制。